Образовательный процесс осуществляется в двух зданиях. Одно предназначено для обучающихся основной и средней школы, второе - для обучающихся начальной школы. Здания МКОУ СОШ д. Малиновка расположены в жилой зоне на отдельной территории и являются отдельно стоящими кирпичными одноэтажными строениями площадью 489 кв.м. и 129 кв.м. Первое здание МКОУ СОШ д. Малиновка было построено в 1965 году. Здание нестандартное, возведено по методу народной стройки. Общее количество полноценных кабинетов составляет 6 и две лаборантские комнаты. Кроме того, имеются пищеблок, столовая и туалетные комнаты. Отопление осуществляется электрическими обогревателями, имеется местная канализационная система, а также горячая и холодная вода.
В 2022 году отдельно стоящем здание детского сада, во втором ранее неиспользуемом его крыле был проведен капитальный ремонт. В результате школа получила дополнительные площади для обучающихся начальных классов. Из них были обустроены два кабинета для начальных классов, столовая, пищеблок, полностью соответствующие Сан.Пин. В эти помещения были переведены учащиеся начальных классов.